Samostan paških benediktinki započet je s izgradnjom odmah po utemeljenju novoga Paga i posvećen je sv. Margariti Djevici i Mučenici na spomen nekadašnjoj crkvi i samostanu u Starom Gradu. Uz samostan podignuta je crkva Navještenja Marijina, a dovršena je 1483. godine. Kapelu sv. Nikole, kasnije Gospe od Milosrđa, ugledna paška plemenitaška obitelj Mišolić povjerava izradu majstoru Jurju Dalmatincu, a on kasnije svom učeniku Radmilu Alegretiju. Nakon obnove crkve, kapela je u potpunosti restaurirana i dovedena u prvotno stanje te stoga predstavlja najvrjedniji arhitektonski spomenik gotičko-renesansnog stila u Pagu.
Samostan redovnica sv. Benedikta slovio je kao plemićki samostan jer su redovnice uglavnom bile pripadnice plemićkog sloja. Uz molitvu, redovnice su od 16. stoljeća podučavale žensku djecu u čipkarstvu i pismenosti, a kasnije su otvorile žensku osnovnu školu sa stručnim učiteljicama gdje su posebno podučavale čipkarstvo.
Samostan i školu paških benediktinki posjetio je 1875. godine car Franjo Josip, a početkom 20. stoljeća svojim posjetom benediktinke je počastila i carica majka Marija Jozefa. U vrijeme Drugog svjetskog rata samostan i njegovu pučku kuhinju pomagao je hrvatski Caritas i nadbiskup Alojzije Stepinac, prehranjujući djecu i siromahe. Tijekom Domovinskog rata redovnice su bile povezane s Caritasom iz Italije i Francuske te s brojnim prijateljima samostana u svijetu i tako su pomagale napaćenom stanovništvu, izbjeglicama i prognanicima.
Redovnice čuvaju moćnik sv. Trna u kojem je relikvija Trna Kristove Krune koju je iz Svete zemlje donio fratar Tutnić 1433. godine, o čemu svjedoči javna isprava u paškom Diplomatariju. Ovaj najljepši paški relikvijar izrađen je u jednoj od zadarskih zlatarskih radionica.
Benediktinski red vrlo je stroge klauzure i redovnice načelno ne izlaze iz samostana osim u posebnim slučajevima s dopuštenjem poglavarice. Paške benediktinke su 2008. godine dobile nagradu Zadarske županije za razvoj duhovne kulture grada Paga, a nadaleko poznata priora M. Rozarija Gligora nagradu za životno djelo za zasluge u oblasti kulture.
