La costruzione del Convento benedettino di San Margherita di Pago è iniziata subito dopo la fondazione della nuova città di Pago, in memoria dell'ex chiesa e convento della Città Vecchia. La Chiesa dell'Annunciazione della Beata Vergine Maria fu costruita proprio accanto al convento e fu portata a termine nel 1483. La nobile famiglia Mišolić di Pago affidò la costruzione della Cappella di San Nicola (in seguito Nostra Signora della Misericordia) al maestro costruttore Juraj Dalmatinac (Giorgio de Sebenico), che in seguito affidò il compito al suo apprendista Radmilo Alegreti. In seguito alla ricostruzione della chiesa, la cappella è stata completamente restaurata e riportata alla sua condizione iniziale. È quindi il monumento architettonico più prezioso dello stile gotico-rinascimentale di Pago.
Il convento delle suore benedettine era conosciuto come un convento nobile, in quanto le suore provenivano per lo più da famiglie blasonate. Sin dal XVI secolo, insieme alle preghiere, le suore insegnarono alle bambine a ricamare il merletto e a scrivere, e più tardi istituirono una scuola elementare femminile con insegnanti qualificati, in cui s'impartiva in particolare l'arte del merletto.
Nel 1875, l' imperatore Francesco Giuseppe visitò il convento e la scuola benedettina di Pago. All'inizio del XX secolo, le monache benedettine furono ulteriormente onorate dalla visita dell'imperatrice madre Maria Giuseppa. Durante la Seconda guerra mondiale, il convento e la sua mensa popolare furono sostenuti nel sostentamento di bambini e poveri dalla Caritas croata e dall'arcivescovo Alojzije Stepinac. Durante la Guerra dei Balcani, le suore mantennero contatti con la Caritas italiana e francese e con numerosi amici del monastero in tutto il mondo, aiutando così popolazione, sfollati e rifugiati disorientati.
Le suore custodiscono il Reliquiario della santa Spina, contenente una reliquia della corona di spine di Gesù, portata dalla Terra Santa da padre Tutnić nel 1433, come registrato in un documento pubblico del Diplomatario paghesano Questo, che è il più bello tra i reliquiari di Pago, è stato realizzato da un laboratorio orafo a Zara.
L' ordine benedettino prevede una stretta clausura e le suore lasciano il monastero solo in casi particolari, con il permesso della madre superiora. Le monache benedettine di Pago hanno ricevuto un premio dalla Provincia di Zara nel 2008 per lo sviluppo della cultura spirituale della città di Pago, mentre la nota priora M. Rozaria Gligora ha ricevuto il premio per la carriera nel campo della cultura.