Budowa klasztoru Benedyktynek pod wezwaniem św. Małgorzaty rozpoczęła się zaraz po założeniu nowego miasta Pag ku pamięci dawnego kościoła i klasztoru na Starym Mieście. Kościół Zwiastowania powstał w 1483 r. obok klasztoru. Rodzina Mišolić powierzyła budowę kaplicy św. Mikołaja (później: Matki Bożej Miłosierdzia) architektowi Jurajowi Dalmatinacowi, który później powierzył ją swojemu uczniowi Radmilo Alegreti. Po rekonstrukcji kościoła kaplica została gruntownie odnowiona i przywrócona do pierwotnego stanu. To sprawia, że jest to najcenniejszy zabytek architektoniczny z okresu gotycko-renesansowego w Pagu.
Klasztor Benedyktynek uważano za szlachetny klasztor, ponieważ zakonnice pochodziły głównie z rodzin szlacheckich. Oprócz modlitwy, w XVI wieku zaczęły uczyć dziewczynki koronkarstwa jak również i pisać. Później założyły szkołę podstawową dla dziewcząt, gdzie przeszkolone nauczycielki nauczały i gdzie koronkarstwo było specjalnym przedmiotem.
W 1875 r. cesarz Franciszek Józef odwiedził klasztor i szkołę benedyktyńską w Pagu. Na początku XX wieku siostry Benedyktynki zostały również uhonorowane wizytą cesarzowej Marii Józefy. W czasie II wojny światowej klasztor wraz z jadłodajnia dla ubogych były wspierane przez chorwacki Caritas i arcybiskupa Alojzije Stepinac, aby wyżywić dzieci i biednych. W czasie wojny domowej zakonnice utrzymywały kontakt z włoskimi i francuskimi Caritas oraz licznymi przyjaciółmi klasztoru na całym świecie, pomagając w ten sposób zdesperowanej ludności, przesiedleńcom i uchodźcom.
Zakonnice opiekują się relikwiarzem ze św. Cierniem z korony cierniowej noszonej przez Jezusa i przywiezionym z Ziemi Świętej przez Ojca Tutnića w 1433 r., o czym świadczy dokument publiczny ze Zbioru Dokumentów z Pagu. Ten najpiękniejszy relikwiarz z Pagu, powstał w jednej z pracowni złotniczych w Zadarze.
Zakon sióstr Benedyktynek jest dosyć rygorystyczny. Zakonnice właściwie nie wychodzą poza mury klasztoru, z wyjatkiem szczególnych przypadków i to za pozowleniem przeoryszy. W 2008 roku siostry Benedyktynki otrzymały nagrodę Żupanii zadarskiej za rozwój kultury duchowej miasta Pag; słynna przeorysza M. Rozaria Gligora otrzymała nagrodę za dzieło życia w dziedzinie kultury.